# Germplasm 与 Seed 数据流及表关系

本文档整理 Germplasm 模块中以 `germplasm` 为核心，并覆盖 SeedLot、CrossingProject、GermplasmAttribute、Cross、Pedigree 等相关表的关系。重点表包括：

```text
germplasm
seed_lot
seed_lot_content_mixture
crossing_project
cross_entity / planned cross / cross_parent
germplasm_attribute_definition
germplasm_attribute_value
pedigree_node / pedigree_edge
breeding_method
```

## 结论

Germplasm 关系主线可以理解为：

```text
breeding_method -> germplasm -> germplasm_attribute_value -> germplasm_attribute_definition
program -> crossing_project -> cross_entity -> cross_parent -> germplasm
germplasm / cross_entity -> seed_lot_content_mixture -> seed_lot
germplasm -> pedigree_node -> pedigree_edge
```

其中 `plannedcross` 在数据库中不是独立表，而是 `cross_entity` 的自关联：`cross_entity.planned_cross_id -> cross_entity.id`，并通过 `planned` 字段区分计划杂交和实际杂交。

## 图 4 Germplasm 关系架构图

```mermaid
flowchart TD
    BM["breeding_method<br/>育种方法"] -->|"breeding_method_id"| G["germplasm<br/>种质主表"]
    CROP["crop<br/>作物"] -->|"crop_id"| G

    GAD["germplasm_attribute_definition<br/>GermplasmAttribute 定义"] -->|"attribute_id"| GAV["germplasm_attribute_value<br/>GermplasmAttributeValue"]
    G -->|"germplasm_id"| GAV
    CROP -->|"crop_id"| GAD
    TR["trait"] -->|"trait_id"| GAD
    ME["method"] -->|"method_id"| GAD
    SC["scale"] -->|"scale_id"| GAD
    ONT["ontology"] -->|"ontology_id"| GAD

    PR["program<br/>项目"] -->|"program_id"| CP["crossing_project<br/>CrossingProject"]
    CP -->|"crossing_project_id"| CR["cross_entity<br/>Cross / PlannedCross"]
    CP -->|"crossing_project_id"| XP["cross_parent<br/>CrossParent"]

    CR -->|"cross_id"| XP
    G -->|"germplasm_id"| XP
    OU["observation_unit<br/>可选亲本来源"] -->|"observation_unit_id"| XP
    CR -->|"planned_cross_id 自关联"| PCR["cross_entity<br/>planned cross"]

    G -->|"germplasm_id"| SCM["seed_lot_content_mixture<br/>SeedLot 组成"]
    CR -->|"cross_id"| SCM
    SCM -->|"seed_lot_id"| SL["seed_lot<br/>SeedLot"]
    PR -->|"program_id"| SL
    LOC["location<br/>库位/地点"] -->|"location_id"| SL

    SL -->|"from_seed_lot_id"| TX["seed_lot_transaction<br/>SeedLot 流转"]
    TX -->|"to_seed_lot_id"| SL

    CP -->|"crossing_project_id"| PN["pedigree_node<br/>PedigreeNode"]
    G -->|"germplasm_id"| PN
    PN -->|"this_node_id"| PE["pedigree_edge<br/>亲子/同胞关系"]
    PE -->|"connceted_node_id"| PN2["pedigree_node<br/>父本/子代节点"]
```

## 图 4-2 Germplasm ER 关系图

```mermaid
erDiagram
    crop ||--o{ germplasm : "crop_id"
    breeding_method ||--o{ germplasm : "breeding_method_id"

    germplasm ||--o{ germplasm_attribute_value : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_donor : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_institute : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_origin : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_synonym : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_taxon : "germplasm_id"

    germplasm ||--o| pedigree_node : "germplasm_id"
    pedigree_node ||--o{ pedigree_edge : "this_node_id"
    pedigree_node ||--o{ pedigree_edge : "connceted_node_id"

    crossing_project ||--o{ cross_entity : "crossing_project_id"
    cross_entity ||--o{ cross_entity : "planned_cross_id"
    cross_entity ||--o{ cross_parent : "cross_id"
    crossing_project ||--o{ cross_parent : "crossing_project_id"
    germplasm ||--o{ cross_parent : "germplasm_id"

    seed_lot ||--o{ seed_lot_content_mixture : "seed_lot_id"
    germplasm ||--o{ seed_lot_content_mixture : "germplasm_id"
    cross_entity ||--o{ seed_lot_content_mixture : "cross_id"

    location ||--o{ seed_lot : "location_id"
    program ||--o{ seed_lot : "program_id"

    seed_lot ||--o{ seed_lot_transaction : "from_seed_lot_id"
    seed_lot ||--o{ seed_lot_transaction : "to_seed_lot_id"
```

## 核心表说明

| 表 | 作用 | 主要上游依赖 | 主要下游 |
| --- | --- | --- | --- |
| `germplasm` | 种质主表，保存 accession、PUI、物种、采集来源、种子来源等信息 | `crop`, `breeding_method` | 属性、机构、来源、系谱、SeedLot 组成、Cross 亲本 |
| `breeding_method` | 育种方法字典 | 无 | `germplasm` |
| `germplasm_attribute_definition` | GermplasmAttribute 定义，继承变量定义体系，可关联 trait/method/scale/ontology/crop | `crop`, `trait`, `method`, `scale`, `ontology` | `germplasm_attribute_value` |
| `germplasm_attribute_value` | GermplasmAttributeValue，保存某个 germplasm 在某个属性上的取值 | `germplasm`, `germplasm_attribute_definition` | 属性查询 |
| `crossing_project` | CrossingProject，杂交项目 | `program` | `cross_entity`, `cross_parent`, `pedigree_node` |
| `cross_entity` | Cross/PlannedCross 统一落库表；`planned_cross_id` 是对本表的自关联 | `crossing_project`, `cross_entity` | `cross_parent`, `seed_lot_content_mixture` |
| `cross_parent` | CrossParent，连接 `cross_entity` 与 `germplasm` 或 observation unit | `cross_entity`, `crossing_project`, `germplasm`, `observation_unit` | 杂交亲本 |
| `seed_lot` | 种子批次/库存批次，保存数量、单位、库位、项目、创建和更新时间 | `location`, `program` | `seed_lot_content_mixture`, `seed_lot_transaction` |
| `seed_lot_content_mixture` | SeedLot 组成明细，连接 `seed_lot` 与 `germplasm` 或 `cross_entity` | `seed_lot`, `germplasm`, `cross_entity` | 表示批次内各成分占比 |
| `seed_lot_transaction` | SeedLot 流转记录，记录从一个批次到另一个批次的数量变化 | `from_seed_lot`, `to_seed_lot` | 库存流向追踪 |
| `pedigree_node` | 系谱节点，一个节点可关联一个 germplasm | `germplasm`, `crossing_project` | `pedigree_edge` |
| `pedigree_edge` | 系谱边，描述 parent/child/sibling 关系 | `pedigree_node` | 系谱查询 |

## 建议录入顺序

1. 先录入上游基础数据：`crop`、`breeding_method`、`program`、`location`，以及属性定义需要的 `trait/method/scale/ontology`。
2. 录入 `germplasm_attribute_definition`，定义可采集的 GermplasmAttribute。
3. 录入 `germplasm` 主数据，并通过 `breeding_method_id` 关联育种方法。
4. 录入 `germplasm_attribute_value`，把 germplasm 与 attribute definition 连接起来并保存具体值。
5. 如果涉及杂交，录入 `crossing_project`，再录入计划杂交/实际杂交到 `cross_entity`；计划杂交通过 `planned=true` 或 `planned_cross_id` 自关联体现。
6. 录入 `cross_parent`，把 cross 与 parent germplasm 或 observation unit 关联起来。
7. 录入 `pedigree_node` 和 `pedigree_edge`，表达 germplasm 的 parent/child/sibling 系谱关系。
8. 录入 `seed_lot`，保存批次数量、单位、库位和项目归属。
9. 录入 `seed_lot_content_mixture`，把 seed lot 与一个或多个 `germplasm`/`cross_entity` 连接起来。
10. 后续出入库、分装、合并或转移时，录入 `seed_lot_transaction`，通过 `from_seed_lot_id` 与 `to_seed_lot_id` 追踪流向。

## 关键注意点

1. `germplasm.seedSource` 和 `germplasm.seedSourceDescription` 是种质主表上的描述字段，不等同于库存批次。
2. 真正表示库存批次的是 `seed_lot`，而批次与种质的关系在 `seed_lot_content_mixture` 中。
3. `seed_lot_content_mixture` 可以关联 `germplasm`，也可以关联 `cross_entity`，适合表达混合种子批次或由杂交产生的批次。
4. `seed_lot_transaction` 同时有 `fromSeedLot` 与 `toSeedLot`，因此它表达的是 seed lot 到 seed lot 的流转关系，而不是 seed lot 到 germplasm 的直接关系。
5. `plannedcross` 没有独立数据库表，统一使用 `cross_entity`，通过 `planned` 字段和 `planned_cross_id` 自关联表达。
6. `germplasm_attribute_definition` 是属性定义，`germplasm_attribute_value` 是种质上的实际属性值，两者通过 `attribute_id` 连接。
7. 系谱关系由 `pedigree_node` 和 `pedigree_edge` 表达；杂交流程由 `cross_entity` 和 `cross_parent` 表达，两者都可以回到 `germplasm` 主数据。
