# 03 Genotyping - reference_set 表录入说明

来源：`docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md`

## 录入目标

`reference_set` 表示参考基因组集合，是 reference、variantset、variant 的参考侧上游。它可以关联来源 germplasm。

## 上下游关系

| 类型 | 内容 |
| --- | --- |
| 表 | `reference_set` |
| Java 实体 | `ReferenceSetEntity` |
| 前置依赖 | 可选 `germplasm` |
| 下游引用 | `reference`、`variantset`、`variant` |
| API | `/brapi/v2/referencesets` |

## 字段录入

| 字段 | 业务意义 | 录入方式 | 校验规则 |
| --- | --- | --- | --- |
| `id` | reference set 主键 | 系统生成；导入时可指定 | 必填、唯一 |
| `auth_user_id` | 数据所属用户 | 登录上下文自动写入 | 不允许前端手填 |
| `reference_set_name` | 参考集合名称 | 用户录入 | 建议必填 |
| `assemblypui` | assembly 永久标识 | 用户录入/导入 | 可选，建议唯一 |
| `description` | 参考集合说明 | 多行文本 | 可选 |
| `is_derived` | 是否派生参考 | 开关 | 可选 |
| `md5checksum` | 校验值 | 文本 | 可选，格式提示 |
| `sourceuri` | 来源 URI | URL 输入 | 可选，URL 格式校验 |
| `species_ontology_term` | 物种本体 term | 文本/本体选择器 | 可选 |
| `species_ontology_termuri` | 物种本体 URI | URL 输入 | 可选，URL 格式校验 |
| `source_germplasm_id` | 来源 germplasm | Germplasm 选择器 | 可选，若填需存在 |

## 页面与交互

- 列表页展示 referenceSetName、assemblyPUI、species、sourceGermplasm、reference 数、variantset 数。
- 详情页展示 reference、variantset、variant 入口。

## 关键校验

1. 删除 reference_set 前检查 `reference`、`variantset`、`variant` 引用。
2. 若填写 `source_germplasm_id`，必须引用已存在 germplasm。
3. md5 checksum 建议做格式提示，不强行阻断历史数据。
