# 03 Genotyping - allele_call 表录入说明

来源：`docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md`

## 录入目标

`allele_call` 是最终 genotype 调用结果。业务上它就是 Call：一条记录表示某个 sample/callset 在某个 variant 上的 genotype、read depth、likelihood 等结果。

## 上下游关系

| 类型 | 内容 |
| --- | --- |
| 表 | `allele_call` |
| Java 实体 | `CallEntity` |
| 前置依赖 | `callset`、`variant` |
| 下游引用 | 无 |
| API | `/brapi/v2/calls` |

## 字段录入

| 字段 | 业务意义 | 录入方式 | 校验规则 |
| --- | --- | --- | --- |
| `id` | call 主键 | 系统生成；导入时可指定 | 必填、唯一 |
| `auth_user_id` | 数据所属用户 | 登录上下文自动写入 | 不允许前端手填 |
| `call_set_id` | 所属 callset | CallSet 选择器/导入 | 必选，必须存在 |
| `variant_id` | 对应 variant | Variant 选择器/导入 | 必选，必须存在 |
| `genotype` | genotype 值，如 0/1、A/T | 文本/导入 | 建议必填 |
| `read_depth` | 测序深度 | 数字输入/导入 | 可选，非负 |
| `genotype_likelihood` | genotype likelihood | 数字输入/导入 | 可选 |
| `phase_set` | phase set | 文本/导入 | 可选 |

## 页面与交互

- 通常不做逐条手工录入，主要通过 VCF/HapMap/矩阵文件导入。
- 列表页支持按 callset、sample、variantset、variant 查询。
- 在 Variant 详情页可查看该位点下的 calls，在 Sample/CallSet 详情页可查看该样本的 calls。

## 关键校验

1. `call_set_id` 和 `variant_id` 必须存在。
2. 同一 callset 对同一 variant 不应重复。
3. `allele_call` 不应直接承担 variant 定义字段；位点信息应来自 `variant`。