Germplasm 与 Seed 数据流及表关系

本文档整理 Germplasm 模块中以 germplasm 为核心，并覆盖 SeedLot、CrossingProject、GermplasmAttribute、Cross、Pedigree 等相关表的关系。重点表包括：

germplasm
seed_lot
seed_lot_content_mixture
crossing_project
cross_entity / planned cross / cross_parent
germplasm_attribute_definition
germplasm_attribute_value
pedigree_node / pedigree_edge
breeding_method

结论

Germplasm 关系主线可以理解为：

breeding_method -> germplasm -> germplasm_attribute_value -> germplasm_attribute_definition
program -> crossing_project -> cross_entity -> cross_parent -> germplasm
germplasm / cross_entity -> seed_lot_content_mixture -> seed_lot
germplasm -> pedigree_node -> pedigree_edge

其中 plannedcross 在数据库中不是独立表，而是 cross_entity 的自关联：cross_entity.planned_cross_id -> cross_entity.id，并通过 planned 字段区分计划杂交和实际杂交。

图 4 Germplasm 关系架构图

flowchart TD
    BM["breeding_method<br/>育种方法"] -->|"breeding_method_id"| G["germplasm<br/>种质主表"]
    CROP["crop<br/>作物"] -->|"crop_id"| G

    GAD["germplasm_attribute_definition<br/>GermplasmAttribute 定义"] -->|"attribute_id"| GAV["germplasm_attribute_value<br/>GermplasmAttributeValue"]
    G -->|"germplasm_id"| GAV
    CROP -->|"crop_id"| GAD
    TR["trait"] -->|"trait_id"| GAD
    ME["method"] -->|"method_id"| GAD
    SC["scale"] -->|"scale_id"| GAD
    ONT["ontology"] -->|"ontology_id"| GAD

    PR["program<br/>项目"] -->|"program_id"| CP["crossing_project<br/>CrossingProject"]
    CP -->|"crossing_project_id"| CR["cross_entity<br/>Cross / PlannedCross"]
    CP -->|"crossing_project_id"| XP["cross_parent<br/>CrossParent"]

    CR -->|"cross_id"| XP
    G -->|"germplasm_id"| XP
    OU["observation_unit<br/>可选亲本来源"] -->|"observation_unit_id"| XP
    CR -->|"planned_cross_id 自关联"| PCR["cross_entity<br/>planned cross"]

    G -->|"germplasm_id"| SCM["seed_lot_content_mixture<br/>SeedLot 组成"]
    CR -->|"cross_id"| SCM
    SCM -->|"seed_lot_id"| SL["seed_lot<br/>SeedLot"]
    PR -->|"program_id"| SL
    LOC["location<br/>库位/地点"] -->|"location_id"| SL

    SL -->|"from_seed_lot_id"| TX["seed_lot_transaction<br/>SeedLot 流转"]
    TX -->|"to_seed_lot_id"| SL

    CP -->|"crossing_project_id"| PN["pedigree_node<br/>PedigreeNode"]
    G -->|"germplasm_id"| PN
    PN -->|"this_node_id"| PE["pedigree_edge<br/>亲子/同胞关系"]
    PE -->|"connceted_node_id"| PN2["pedigree_node<br/>父本/子代节点"]

图 4-2 Germplasm ER 关系图

erDiagram
    crop ||--o{ germplasm : "crop_id"
    breeding_method ||--o{ germplasm : "breeding_method_id"

    germplasm ||--o{ germplasm_attribute_value : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_donor : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_institute : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_origin : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_synonym : "germplasm_id"
    germplasm ||--o{ germplasm_taxon : "germplasm_id"

    germplasm ||--o| pedigree_node : "germplasm_id"
    pedigree_node ||--o{ pedigree_edge : "this_node_id"
    pedigree_node ||--o{ pedigree_edge : "connceted_node_id"

    crossing_project ||--o{ cross_entity : "crossing_project_id"
    cross_entity ||--o{ cross_entity : "planned_cross_id"
    cross_entity ||--o{ cross_parent : "cross_id"
    crossing_project ||--o{ cross_parent : "crossing_project_id"
    germplasm ||--o{ cross_parent : "germplasm_id"

    seed_lot ||--o{ seed_lot_content_mixture : "seed_lot_id"
    germplasm ||--o{ seed_lot_content_mixture : "germplasm_id"
    cross_entity ||--o{ seed_lot_content_mixture : "cross_id"

    location ||--o{ seed_lot : "location_id"
    program ||--o{ seed_lot : "program_id"

    seed_lot ||--o{ seed_lot_transaction : "from_seed_lot_id"
    seed_lot ||--o{ seed_lot_transaction : "to_seed_lot_id"

核心表说明

表	作用	主要上游依赖	主要下游
`germplasm`	种质主表，保存 accession、PUI、物种、采集来源、种子来源等信息	`crop`, `breeding_method`	属性、机构、来源、系谱、SeedLot 组成、Cross 亲本
`breeding_method`	育种方法字典	无	`germplasm`
`germplasm_attribute_definition`	GermplasmAttribute 定义，继承变量定义体系，可关联 trait/method/scale/ontology/crop	`crop`, `trait`, `method`, `scale`, `ontology`	`germplasm_attribute_value`
`germplasm_attribute_value`	GermplasmAttributeValue，保存某个 germplasm 在某个属性上的取值	`germplasm`, `germplasm_attribute_definition`	属性查询
`crossing_project`	CrossingProject，杂交项目	`program`	`cross_entity`, `cross_parent`, `pedigree_node`
`cross_entity`	Cross/PlannedCross 统一落库表；`planned_cross_id` 是对本表的自关联	`crossing_project`, `cross_entity`	`cross_parent`, `seed_lot_content_mixture`
`cross_parent`	CrossParent，连接 `cross_entity` 与 `germplasm` 或 observation unit	`cross_entity`, `crossing_project`, `germplasm`, `observation_unit`	杂交亲本
`seed_lot`	种子批次/库存批次，保存数量、单位、库位、项目、创建和更新时间	`location`, `program`	`seed_lot_content_mixture`, `seed_lot_transaction`
`seed_lot_content_mixture`	SeedLot 组成明细，连接 `seed_lot` 与 `germplasm` 或 `cross_entity`	`seed_lot`, `germplasm`, `cross_entity`	表示批次内各成分占比
`seed_lot_transaction`	SeedLot 流转记录，记录从一个批次到另一个批次的数量变化	`from_seed_lot`, `to_seed_lot`	库存流向追踪
`pedigree_node`	系谱节点，一个节点可关联一个 germplasm	`germplasm`, `crossing_project`	`pedigree_edge`
`pedigree_edge`	系谱边，描述 parent/child/sibling 关系	`pedigree_node`	系谱查询

建议录入顺序

先录入上游基础数据：crop、breeding_method、program、location，以及属性定义需要的 trait/method/scale/ontology。
录入 germplasm_attribute_definition，定义可采集的 GermplasmAttribute。
录入 germplasm 主数据，并通过 breeding_method_id 关联育种方法。
录入 germplasm_attribute_value，把 germplasm 与 attribute definition 连接起来并保存具体值。
如果涉及杂交，录入 crossing_project，再录入计划杂交/实际杂交到 cross_entity；计划杂交通过 planned=true 或 planned_cross_id 自关联体现。
录入 cross_parent，把 cross 与 parent germplasm 或 observation unit 关联起来。
录入 pedigree_node 和 pedigree_edge，表达 germplasm 的 parent/child/sibling 系谱关系。
录入 seed_lot，保存批次数量、单位、库位和项目归属。
录入 seed_lot_content_mixture，把 seed lot 与一个或多个 germplasm/cross_entity 连接起来。
后续出入库、分装、合并或转移时，录入 seed_lot_transaction，通过 from_seed_lot_id 与 to_seed_lot_id 追踪流向。

关键注意点

germplasm.seedSource 和 germplasm.seedSourceDescription 是种质主表上的描述字段，不等同于库存批次。
真正表示库存批次的是 seed_lot，而批次与种质的关系在 seed_lot_content_mixture 中。
seed_lot_content_mixture 可以关联 germplasm，也可以关联 cross_entity，适合表达混合种子批次或由杂交产生的批次。
seed_lot_transaction 同时有 fromSeedLot 与 toSeedLot，因此它表达的是 seed lot 到 seed lot 的流转关系，而不是 seed lot 到 germplasm 的直接关系。
plannedcross 没有独立数据库表，统一使用 cross_entity，通过 planned 字段和 planned_cross_id 自关联表达。
germplasm_attribute_definition 是属性定义，germplasm_attribute_value 是种质上的实际属性值，两者通过 attribute_id 连接。
系谱关系由 pedigree_node 和 pedigree_edge 表达；杂交流程由 cross_entity 和 cross_parent 表达，两者都可以回到 germplasm 主数据。

8.0 KiB Raw Permalink Blame History Unescape Escape