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brapi-java/docs/dev/03-genotyping/10-genome_map.md
2026-05-28 11:56:17 +08:00

1.7 KiB
Raw Blame History

03 Genotyping - genome_map 表录入说明

来源:docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md

录入目标

genome_map 表示遗传图谱,用于组织 linkage group并通过 marker_position 将 variant 放到图谱坐标上。

上下游关系

类型 内容
genome_map
Java 实体 GenomeMapEntity
前置依赖 crop,可关联 study
下游引用 linkageGroup / linkage_group
API /brapi/v2/maps

字段录入

字段 业务意义 录入方式 校验规则
id map 主键 系统生成;导入时可指定 必填、唯一
auth_user_id 数据所属用户 登录上下文自动写入 不允许前端手填
map_name 图谱名称 用户录入 建议必填
mappui map 永久标识 用户录入/导入 可选,建议唯一
crop_id 所属作物 Crop 选择器 可选,若填需存在
scientific_name 学名 文本 可选
type 图谱类型 下拉/文本 可选
unit 图谱单位,如 cM 文本/下拉 可选
published_date 发表日期 日期选择器 可选
documentationurl 文档链接 URL 输入 可选URL 格式校验
comments 备注 多行文本 可选

页面与交互

  • GenomeMap 列表页支持按 crop、mapName、type 查询。
  • 详情页展示 linkage groups 和 marker positions。
  • 可通过图谱详情批量导入 linkage group 与 marker position。

关键校验

  1. 删除 genome_map 前检查 linkage group 引用。
  2. 若关联 study应检查 study 的 crop 与 map 的 crop 一致。
  3. unit 应与 marker_position 的 position 语义保持一致。