brapi-java/docs/dev/03-genotyping/README.md

03 Genotyping 开发录入说明

来源：docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md

本目录按 Genotyping 模块的数据录入顺序拆分开发说明。主线是：

Core/Phenotyping 上游数据 -> plate / sample
reference_set -> reference -> reference_bases
reference_set + study -> variantset -> variant
sample -> callset
callset + variantset -> callset_variant_sets
callset + variant -> allele_call
genome_map -> linkageGroup/linkage_group -> marker_position -> variant

文档清单

顺序	文档	表	作用
01	01-plate.md	plate	样本板
02	02-sample.md	sample	送检样本/测序样本
03	03-reference_set.md	reference_set	参考基因组集合
04	04-reference.md	reference	参考序列
05	05-reference_bases.md	reference_bases	参考序列片段/分页
06	06-variantset.md	variantset	变异集合
07	07-variant.md	variant	变异位点
08	08-callset.md	callset	样本调用集合
09	09-allele_call.md	allele_call	genotype 调用结果
10	10-genome_map.md	genome_map	遗传图谱
11	11-linkage_group.md	linkageGroup / linkage_group	连锁群
12	12-marker_position.md	marker_position	marker/variant 图谱位置
13	13-callset_variant_sets.md	callset_variant_sets	callset 与 variantset 关系
14	14-variantset_analysis.md	variantset_analysis	variantset 分析信息
15	15-variantset_format.md	variantset_format	variantset 可用文件/矩阵格式

全局注意点

1. CallEntity 对应真实业务表是 allele_call，不要新建 call 表。
2. CallSetEntity 对应 callset，不是 call_set。
3. VariantSetEntity 对应 variantset，不是 variant_set。
4. 架构文档标注 LinkageGroupEntity 的表名为 linkageGroup；当前初始 DDL 中表名为 linkage_group。做迁移前必须以实际数据库 catalog 为准。
5. sample 是 Genotyping 样本入口，向上关联 plate/observation_unit/study/trial/program。
6. variant 是位点定义，allele_call 是某个样本/callset 在位点上的结果。
7. reference_set/reference/reference_bases 是参考基因组侧；variantset/variant/callset/allele_call 是变异和结果侧。