brapi-java/docs/dev/03-genotyping/09-allele_call.md

03 Genotyping - allele_call 表录入说明

来源：docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md

录入目标

allele_call 是最终 genotype 调用结果。业务上它就是 Call：一条记录表示某个 sample/callset 在某个 variant 上的 genotype、read depth、likelihood 等结果。

上下游关系

类型	内容
表	allele_call
Java 实体	CallEntity
前置依赖	callset、variant
下游引用	无
API	/brapi/v2/calls

字段录入

字段	业务意义	录入方式	校验规则
id	call 主键	系统生成；导入时可指定	必填、唯一
auth_user_id	数据所属用户	登录上下文自动写入	不允许前端手填
call_set_id	所属 callset	CallSet 选择器/导入	必选，必须存在
variant_id	对应 variant	Variant 选择器/导入	必选，必须存在
genotype	genotype 值，如 0/1、A/T	文本/导入	建议必填
read_depth	测序深度	数字输入/导入	可选，非负
genotype_likelihood	genotype likelihood	数字输入/导入	可选
phase_set	phase set	文本/导入	可选

页面与交互

• 通常不做逐条手工录入，主要通过 VCF/HapMap/矩阵文件导入。
• 列表页支持按 callset、sample、variantset、variant 查询。
• 在 Variant 详情页可查看该位点下的 calls，在 Sample/CallSet 详情页可查看该样本的 calls。

关键校验

1. call_set_id 和 variant_id 必须存在。
2. 同一 callset 对同一 variant 不应重复。
3. allele_call 不应直接承担 variant 定义字段；位点信息应来自 variant。