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brapi-java/docs/dev/03-genotyping/15-variantset_format.md
2026-05-28 16:53:53 +08:00

1.7 KiB
Raw Blame History

03 Genotyping - variantset_format 表录入说明

来源:docs/architecture/03-genotyping-data-flow.md

录入目标

variantset_format 记录 variantset 可用的数据格式和文件地址,例如 allele matrix、VCF、HapMap 或 CSV。它用于下载、导出和矩阵读取。

上下游关系

类型 内容
variantset_format
Java 实体 VariantSetAvailableFormatEntity
前置依赖 variantset
下游引用 文件下载、allele matrix 展示、导出

字段录入

字段 业务意义 录入方式 校验规则
id format 主键 系统生成;导入时可指定 必填、唯一
variant_set_id 所属 variantset VariantSet 选择器/导入 必选,必须存在
data_format 数据格式,如 VCF/HapMap/矩阵 枚举选择 建议必填
file_format MIME/文件格式 枚举选择 建议必填
fileurl 文件 URL URL 输入/导入 可选URL 格式校验
expand_homozygotes 是否展开纯合位点 开关 可选
sep_phased phased genotype 分隔符 文本 可选
sep_unphased unphased genotype 分隔符 文本 可选
unknown_string 缺失值字符串 文本 可选

页面与交互

  • 在 VariantSet 详情页以 Formats Tab 维护。
  • 支持一组 variantset 配置多个可下载格式。
  • 点击 fileurl 可下载或预览,对 allele matrix URL 可进入矩阵查看。

关键校验

  1. variant_set_id 必须存在。
  2. fileurl 如填写需通过 URL 格式校验。
  3. 对矩阵格式,sep_phased/sep_unphased/unknown_string 会影响解析,应在导入预览时展示。

状态:已完成